La fundación de Martín Berdugo data de principios de los 90, cuando la familia que da nombre a la bodega decide aprovechar un extraordinario pedregal cercano a Aranda de Duero para plantar viñedo. En el año 2000 construyeron la bodega y comenzaron a comercializar sus propios vinos, después de una década de vender la uva a los viticultores de la zona.
La finca tiene una extensión total de 104 hectáreas, de las cuales 87 son de viñedo de la variedad tinta fina. Las instalaciones, diseñadas por las arquitectas Vicky Daroca y María Viñé, lograron en 2005 el premio al mejor diseño europeo en categoría de construcción por la prestigiosa revista alemana Bauwet. Además de elaborar tinto en la Ribera del Duero, Martín Berdugo es responsable de un monovarietal de verdejo de excelente calidad acogido a la D.O. Rueda.